Pertumbuhan usaha perdagangan di Kota Samarinda dari tahun ke tahun mengalami peningkatan yg cukup pesat. Aktifitas perdagangan yang maju ditandai dengan semakin banyaknya kegiatan-kegiatan yang ada di suatu kota, sebagi contoh pasar, toko/kios, dan PKL.
 
Di Kota Samarinda terdapat banyak sekali terdapat toko/kios dan PKL yang terpusat di pasar-pasar yang ada di Kota Samarinda. Pada tahun 2003 jumlah toko/kios sebanyak 3.822 buah dan PKL sebayak 2.262 buah, tahun 2004 jumlah toko/kios sebanyak 3.822 buah dan PKL sebayak 2.189 buah, tahun 2005 jumlah toko/kios sebanyak 4.554 buah dan PKL sebayak 2.072 buah, serta tahun 2006 jumlah toko/kios sebanyak 5.744 buah dan PKL sebayak 2.150 buah.
 
Perusahaan perdagangan yang ada di Kota Samarinda dikelompokkan menjadi 5 jenis, yaitu Perseroan Terbatas (PT), Koperasi, Persekutuan Komanditer (CV), Perorangan, dan Bentuk Perusahaan Lain (BPL). Perusahaan perdagangan di Kota Samarinda yang terdaftar dalam daftar tanda daftar perusahaan dari tahun 2003 sampai dengan 2006 mengalami kenaikan yang signifikan. Tahun 2003 sebanyak 821 perusahaan, tahun 2004 sebanyak 995 perusahaan, tahun 2005 sebanyak 1.301 perusahaan, dan tahun 2006 sebanyak 1.217 sehingga rata-rata tiap tahunnya mengalami kenaikan sebesar 99 perusahaan yang terdaftar dalam daftar tanda daftar perusahaan.
 
Sedangkan jumlah pasar di Kota Samarinda dari tahun tahun 2006 berjumlah 29 pasar, yang terbagi dalam 21 pasar tradisional dan 8 pasar modern. Kecamatan Samarinda Ilir memiliki 13 buah pasar, Samarinda Ulu memiliki 2 buah pasar, Samarinda Utara memiliki 3 buah pasar, Sungai Kunjang memiliki 2 buah pasar, Samarinda Seberang memiliki 7 pasar dan Palaran memiliki 2 pasar.